Могу внести свои 20 копеек, как человек, ранее часто мотавшийся между Питером и Москвой.
На машине - утомительно, и долго, если днем, потому что пробки. Особенно устают дети, плюс возникает необходимость в детских автокреслах или бустерах. На крайний случай, накладка ФЭСТ. (ГИБДД не дремлет

). Вьезжаете в Питер с южной части города, дальше по навигатору через город до места встречи с местными гдепаповцами. Достаточно хлопотно.
На поезде - замечательный вариант. Выезжать в ночь, нормально выспаться, утром прибыть, весь день свободен. Отъезд либо в ночь того же дня, либо следующего. Уезжаете из центра Москвы, приезжаете в центр Питера. Метро - рядом.
Маршрутное такси -
http://inkar-avto.ru
Дорога в ночь.
Достаточно экономный и быстрый вариант, но не слишком комфортный для детей.