Поскольку старший сын у Вас- мальчик, то я б ориентировалась на его вкусы.
1.Петропавловка, напротив Артиллерийский музей.
2. Гранд-макет России и Макет Акватория. Недалеко от последнего Военно-морской музей.
3. Если не боитесь замернуть, то по рекам и каналам на пароходике.
4. Эрмитаж, в котором и часы Павлин и Рыцарский зал и мумия в Египетском зале.
5. Кунсткамера
6. Знакомые у меня безумно хотели в музей Арктики и Антарктики, я так и не поняла почему
7. Если любите что-то близкое к Императорскому духу, то Пушкин или Петергоф, но в последнем пока не работают фонтаны не так и красочно, так, что я б выбрала Пушкин с его Янтарной комнатой.
8. На Невском куча вариантов экскурсионных автобусов с экскурсиями по центру города. Отправляются днем регулярно и много.
9. Можно еще посещение Авроры добавить