Обычно проблемы с детьми в самолетах могут возникать на взлете и на посадке, когда идет изменение давления. У ребенка закладывает уши, и его это пугает. В горизонтальном полете все проходит, как правило, гладко, ну если не считать, конечно, вымазанную в майонезе и чае одежду свою и соседей
Я свою дочь возил с 3-х лет, причем совершенно в разное время суток. Проблем никаких, кроме небольшого недовольства при взлете/посадке. Однажды даже летели с высокой температурой.
Слышал про случаи, когда в самолете были сложности с детьми, у которых проблемы с ушами (перфорация перепонки или что-то в этом роде).