1) заапдейтить антивирус и отсканировать.
2) запустить проверку диска на наличие плохих секторов но !БЕЗ! автоматического восстановления
Если нет плохих секторов можно Начать искать программу по восстановлению стертых файлов.

Кстати на логическом диске где находится винда лучше иметь больше 50% свободного места
В вашем случае диск С лучше сделать около 100 гибибайт, и не сохранять на него документы, фото и прочее...

Лучше никаких программ не ставить.
Вытащить винт и поставить его на другой ПК в качестве дополнительного
Посмотреть его,
проверить антивирусом,
Возможно папки в результате каких либо действий получили атрибут "СКРЫТЫЕ" те невидимые
это может быть действие вируса.
Если папки удалились, то их можно восстановить, тк при удалении система не удаляет файлы, а просто удаляет информацию о папке/файле после чего найти их не возможно, но фактически они существуют.
Если не уверены в себе лучше найти в инете фирму по восстановлению HDD и заплатить денежку.
Они профи и у них есть все необходимые проги и опыт.

Для проверки/ восстанавления пользуюсь различными
Рекомендую R-Studio

Надож так разбить было

Да зайдите в восстановление системы и откатитесь на ту дату, когда последний раз файлы видели.

Как то нестандартно разбито по дискам, весьма нестандартно..есть же умельцы ))
По факту - запрос в поисковых системах для начала. Похожие проблемы у народа должны присутствовать

В принципе, пишут по такой тематике о проблемах с реестром..
Всего делов. скачать соотв. прогу и исправить ошибки в нем. Дело на 5 мин
http://remontcompa.ru/283-propal-rabochiy-stol-windows.html

Разбирался с чем-то подобным в этой теме: https://gdepapa.ru/forum/site/newcategory/topic16988/, но там было ясно почему файлы пропали, у Вас надо сначала определить причину. Пробовать все подряд не стоит.

Причину опредять нужно после! Главное спасти информацию!
Поэтому идём по ссылке http://freedom-tor.org/torrent/305341/ontrack-easyrecovery-enterprise-11.5.0.2-2016-rs-repack-portable-by-kpojiuk качаем программу по восстановлению... Ставим программу, интерфейс у неё очень понятный... сохраняйте на внешний носитель, а потом выясняйте причину...

А может всё проще? Вирус сделал ваши файлы скрытыми.Вроде на диске ф что-то есть) Нужно зайти в мой компьютер сверху меню-сервис-параметры папок, вкладка вид и галка показывать скрытые файлы и диски.
В общем пишите, по возможности помогу)