Думаю все от того, что раньше относились к Украине, как к некой местности, территории, типа Кубани, Алтая и многих других. Говорят же на Кубани, на Алтае, а не в Алтае, в Кубане... типа некая территория, неопределенная границами, четкими. Так же с Украиной, когда это была некая территория, при ком то, то ли при Российской державе, то ли при СССР была в составе УССР(говорили же, ехать на Украину, но и говорили в УССР, а не на УССР) а когда стала независимым государством, нужно говорит предлог в.
Думаю, изначально не было в этом никакой подоплеки, кроме правил языка. Иначе и про Белоруссию говорили бы "на", и про Прибалтику. И, насколько я помню, при СССР Украина не "была в составе УССР", а просто имела другое официальное название, а говорили "в УССР" по правилам склонения аббревиатур. "В Донбассе" - это тоже не по правилам, скорее, калька с "в Украине" (по правилам "на Донбассе" или "в ДНР").
Теперь, конечно, со временем это правило изменится, но лично мне больше нравится "на", звучит красивее, чем "вукр", мелодичнее, певучее - надеюсь, никого не обидела